La saison 1999 du Championnat du Gabon de football est la vingt-troisième édition du championnat de première division gabonaise, le Championnat National. Il se déroule sous la forme d’une poule unique avec quinze formations, qui s’affrontent à deux reprises, à domicile et à l’extérieur.
Le championnat est définitivement abandonné à la fin du mois de Septembre, car le gouvernement ne verse pas la somme de cinquante millions de francs CFA à chacune des formations inscrites, comme il s’y était engagé avant le début de la compétition, pour soutenir les clubs. Il n’y a donc ni promotion, ni relégation et les qualifications continentales sont déterminées en fonction du classement au moment de interruption.
Le club de Petrosport FC est en tête du classement lorsque le championnat est arrêté, devant le FC 105 Libreville et l'USM Libreville. Cependant, la dissolution du club est annoncée en par Elf-Gabon, le principal sponsor du club. Par conséquent, le FC 105 récupère à la fois le titre de champion du Gabon mais aussi la place en Ligue des champions de la CAF 2000. Par la suite, le sponsor de Petrosport décide de revenir sur sa décision mais le titre et la qualification continentale ne sont pas remis en question.
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