Le Championnat du Japon de football 1999 est la 34e édition de la première division japonaise et la 7e édition de la J.League. Le championnat a débuté le et s'est achevé le .
La mise en place d'un système de relégation simplifié, dans lequel les deux derniers du championnat sont relégués et les deux premiers de J. League 2 promus. Cette année marque également la fin des tirs au but en championnat.
Les clubs participants
Les 16 de la J League 1998 participent à la compétition.
Le parcours des clubs japonais en Ligue des champions de l'AFC est important puisqu'il détermine le coefficient AFC japonais, et donc le nombre de clubs japonais présents dans la compétition les années suivantes.