EcoRV

Restrikciona endonukleaza EcoRV
EcoRV kristalna struktura u kompleksu sa dvolančanom DNK[1]
Identifikatori
Simbol Endonuc-EcoRV
Pfam PF09233
InterPro IPR015314
SKOP 1sx5
Sekvenca DNK prepoznavanja EcoRV-a. Zelena linija označava mesto presecanja

EcoRV je tip II restrikciona endonukleaza izolovana iz pojedinih vrsta Escherichia coli. Njegov alternativno ime je Eco32I.

EcoRV je često korišteni restrikcioni enzim u molekulskoj biologiji. On formira tupe krajeve. Ovaj enzim prepoznaje palindromsku šestobaznu DNK sekvencu 5'-GAT|ATC-3' i preseca oba lanca na istom mestu. Komplementarna sekvenca je 3'-CTA|TAG-5'. Nastali tupi krajevi se mogu se lako ligirati mada sa manjom efikasnošću od lepljivih krajeva.

Struktura

Struktura ovog enzima, i nekoliko mutanta, u kompleksu sa DNK sekvencom koju preseca je kristalografski rešena.

Osnova enzima se sastoji od petolančene mešovite β-ravni flankirane α-heliksima. Osnova je konzervirana u svim drugim restrikcionim endonukleazama tipa II. Ovaj enzim sadrži N-terminalni dimerizacioni domen formiran od kratkog α-heliksa, dvolančane antiparalne ravni i dugačkog α-heliksa. Taj domen je prisutan samo u EcoRV i PvuII.[2]

Reference

  1. ↑ Dirk Kostrewa, Fritz K. Winkler (1995). „Mg2+ Binding to the Active Site of EcoRV Endonuclease: A Crystallographic Study of Complexes with Substrate and Product DNA at 2-.ANG. Resolution”. Biochemistry 34 (2): 683–696. DOI:10.1021/bi00002a036. 
  2. ↑ Pingoud A, Jeltsch A (2001). „Structure and function of type II restriction endonucleases”. Nucleic Acids Research 29 (18): 3705–3727. DOI:10.1093/nar/29.18.3705. PMC 55916. PMID 11557805. 

Literatura

  • Nicholas C. Price, Lewis Stevens (1999). Fundamentals of Enzymology: The Cell and Molecular Biology of Catalytic Proteins (Third izd.). USA: Oxford University Press. ISBN 019850229X. 
  • Eric J. Toone (2006). Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology, Protein Evolution (Volume 75 izd.). Wiley-Interscience. ISBN 0471205036. 
  • Branden C, Tooze J.. Introduction to Protein Structure. New York, NY: Garland Publishing. ISBN: 0-8153-2305-0. 
  • Irwin H. Segel. Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and Steady-State Enzyme Systems (Book 44 izd.). Wiley Classics Library. ISBN 0471303097. 
  • Robert A. Copeland (2013). Evaluation of Enzyme Inhibitors in Drug Discovery: A Guide for Medicinal Chemists and Pharmacologists (2nd izd.). Wiley-Interscience. ISBN 111848813X. 
  • Gerhard Michal, Dietmar Schomburg (2012). Biochemical Pathways: An Atlas of Biochemistry and Molecular Biology (2nd izd.). Wiley. ISBN 0470146842. 

Vidi još

  • EcoRI, nukleazni enzim iz E. coli.
  • EcoRII, nukleazni enzim iz E. coli.
  • FokI, nukleazni enzim iz Flavobacterium okeanokoites.


  • p
  • r
  • u
TemeTipovi
EC1 Oksidoreduktaze/spisak  • EC2 Transferaze/spisak  • EC3 Hidrolaze/spisak  • EC4 Lijaze/spisak  • EC5 Izomeraze/spisak  • EC6 Ligaze/spisak
B enzm: 1.1/2/3/4/5/6/7/8/10/11/13/14/15-18, 2.1/2/3/4/5/6/7/8, 2.7.10, 2.7.11-12, 3.1/2/3/4/5/6/7, 3.1.3.48, 3.4.21/22/23/24, 4.1/2/3/4/5/6, 5.1/2/3/4/99, 6.1-3/4/5-6