Nacque a Napoli, da Sigismondo ed Ippolita, il 1º dicembre 1498 da una famiglia nobile e di antiche origini. La coppia ebbe numerosi figli, tra i quali, appunto, Giovanni Michele. Durante le Guerre d'Italia del XVI secolo due dei suoi fratelli si allearono con la Francia, facendo perdere il patrimonio feudale di famiglia. Giovanni Michele era parente del cardinale Fabio Mignanelli.
Carriera ecclesiastica
Il Saraceni divenne arcivescovo di Acerenza e Matera il 23 marzo 1536, rimanendone titolare sino al 1555. Prese parte alla prima fase del Concilio di Trento. Nonostante fosse suddito imperiale, adottò l'idea del pontefice Paolo III dello spostamento del concilio da Trento a Bologna, entrando così conflitto con Carlo V. Il papa Giulio III, apprezzandone la dottrina, lo nominò governatore di Roma dal 29 dicembre 1550 al 20 novembre 1551. Nello stesso anno il pontefice lo elevò al rango di cardinale nel concistoro del 20 novembre 1551. Venne scelto anche in qualità di amministratore apostolico della diocesi di Lecce dal settembre al dicembre 1560. Nel 1563 divenne Membro dell’Inquisizione romana. Il Saraceni è ricordato altresì tra i protettori della casa romana dei catecumeni.